Il Santuario francescano di S. Margherita da Cortona è un luogo in cui Dio si è manifestato per mezzo della sua serva Margherita, è quindi un luogo dello spirito, un luogo che gode di una gratia loci speciale che si riversa su ogni pellegrino o devoto che con fede viene a visitarlo. Per questo la Basilica-Santuario di S. Margherita, in occasione del Grande Giubileo del 2000, è stata designata espressamente come chiesa giubilare con la possibilità di poter lucrare l’Indulgenza plenaria.
In questo Santuario si conservano due tesori preziosissimi: il corpo incorrotto di S. Margherita e il Crocifisso ligneo del 1200, che tante volte parlò alla Santa.
Margherita è una Terziaria francescana ed è stata definita da Gesù stesso “Terza luce nell’Ordine Francescano: Francesco è la prima luce nell’Ordine dei Minori, Chiara la seconda luce nell’Ordine delle Monache, e tu la terza luce nell’Ordine dei penitenti” (S.Margherita, 2003 X,9). Margherita è la penitente per antonomàsia, perché dopo una giovinezza di peccato e di scandalo, si è convertita, ha fatto penitenza, ha compiuto opere di carità e si è fatta Santa. Per questo, Gesù stesso – dopo averle concesso l’esperienza mistica, ma reale, della Passione, le disse:“Io ti ho fatto specchio per i peccatori, anche se ostinati, perché per mezzo tuo conoscano quanto volentieri io concedo loro la mia misericordia perché si salvino”(S.Margherita, 2003 V,4).